В компетенцию Западно-Сибирского следственного управления входит расследование преступлений, совершенных на морском, внутреннем водном, воздушном и железнодорожном транспорте, а также в сфере таможенного дела на территории 9 субъектов Российской Федерации: республик Алтай, Тыва, Хакасия, Алтайского и Красноярского краёв, Кемеровской, Новосибирской, Омской и Томской областей.
Основными задачами управления являются оперативное и качественное расследование преступлений, обеспечение законности при производстве предварительного следствия, защита прав и свобод человека и гражданина, выявление причин и условий, способствующих совершению преступлений.