Департамент по недропользованию по СФО является территориальным органом межрегионального уровня, осуществляющим функции Федерального агентства по недропользованию по оказанию государственных услуг и управлению государственным имуществом в сфере недропользования, а также правоприменительные функции на территории Республики Алтай, Алтайского края, Кемеровской, Новосибирской и Омской областей.
В том числе специалисты Сибнедр организуют государственное геологическое изучение недр, проведение конкурсов и аукционов на право их пользования, государственную экспертизу информации о разведанных запасах полезных ископаемых, геологической, экономической информации о предоставляемых в пользование участках недр и другое. Особое внимание в настоящее время уделяется мерам, направленным на выполнение предприятиями, владеющими лицензиями, условий пользования недрами.