Восточное межрегиональное следственное управление на транспорте СК России создано в 2021 году на базе Западно-Сибирского следственного управления на транспорте СК РФ путём присоединения Дальневосточного и Восточно-Сибирского следственных управлений на транспорте СК РФ. На территории СФО следственные отделы межрегионального ведомства находятся в шести регионах – Алтайском, Красноярском краях, Иркутской, Кемеровской, Новосибирской и Омской областях.
В компетенции ведомства – приём, регистрация и проверка сообщений, расследование уголовных дел о преступлениях в сфере движения и эксплуатации водного, воздушного и железнодорожного транспорта.