Государственная пограничная комиссия образована в мае 2003 года. Основным направлением ее деятельности является создание необходимых условий для формирования пограничной политики Российской Федерации и ее реализации при осуществлении внешнеполитической, экономической, военной, социальной, финансовой и иной деятельности государства.
Руководителем комиссии является Председатель Правительства Российской Федерации.